Po zakończeniu castingu i wszelkich przygotowań, produkcja wystartowała w maju 2004. Ekipa udała się do Berlina, aby sfilmować sceny z udziałem organizacji pozarządowej Hippo Pharma, która odgrywa kluczową rolę w poszukiwaniach Justina. Zdjęcia odbywały się w Leherter StadtBanhof, Akademie der Kunste udającej biura Brytyjskiej Wysokiej Komisji, Residenz Hotel, gdzie Justin po raz pierwszy styka się z brutalnymi metodami stosowanymi przez firmę farmaceutyczną Dypraxa, oraz w studiach Babelsberg. Po 2 tygodniach ekipa przeniosła się do Londynu, gdzie wnętrza Tate Modern Gallery posłużyły za salę wykładową, w której Justin poznaje Tessę, w kościele św. Marii Magdaleny w Paddington odbyło się nabożeństwo żałobne, a w Liberal Club umieszczono klub dżentelmenów, w którym Sir Bernard Pellegrin odbywa pouczający lunch z Justinem.
Na początku czerwca rozpoczęły się dwumiesięczne zdjęcia w Kenii. Nie było to łatwe, jako że książka le Carre, będąca krytycznym obrazem skorumpowanych rządów w Kenii, początkowo była w tym kraju zakazana. Dyplomatyczne wysiłki producenta Simona Channinga Williamsa, który długo negocjował z przedstawicielami rządu, zaowocowały zgodą na realizację zdjęć. Mimo że powieść w niekorzystnym świetle przedstawia również brytyjski korpus dyplomatyczny, Wysoki Komisarz Edward Clay także zaoferował filmowcom wsparcie.
Meirelles wspomina: "Edward pomagał nam na wiele sposobów. Aktorzy mogli spotkać się z członkami Wysokiej Komisji, obejrzeć domy i przyjrzeć się ich pracy. Odnieśliśmy wrażenie, że obecnie praca Wysokiej Komisji skupia się na tworzeniu odpowiednich warunków do interesów. Funkcjonują jak Unilever czy Shell. I chociaż brytyjskie rządy w Kenii skończyły się 41 lat temu, to oba kraje są ze sobą silnie związane."
Edward Clay i jego personel przybliżyli aktorom i twórcom filmu polityczny, ekonomiczny i społeczny kontekst Kenii, zarówno w czasach gdy John le Carre pisał powieść, jak i obecnie. Clay tłumaczy: "Afryki nie można odbierać jako jednego niezróżnicowanego koszyka. Niektórzy odnoszą sukcesy, a kraje które niedawno leżały na łopatkach, teraz nieźle sobie radzą. Kenia w ciągu ostatnich 20 lat kiepsko funkcjonowała, głównie z winy fatalnych rządów. Kenia z okresu, jaki opisuje le Carre, była rzeczywiście bardzo prawdopodobnym miejscem akcji dla przedstawionego w niej skandalu. Jednak ostatnio społeczeństwo zadecydowało, że najwyższy czas na głębokie zmiany, a Kenia nie będzie dłużej symbolem złych rządów i korupcji."
Meirelles uważa, że jego perspektywa od początku różniła się od tej, jaką przyjął autor powieści: "John le Carre napisał powieść o kraju rozwijającym i wielkim biznesie z punktu widzenia człowieka z Pierwszego Świata. Ja natomiast zobaczyłem siebie w Afryce, do której wkraczają wielkie koncerny. Widzę tę historię oczami Kenijczyka. Jako człowiek z Trzeciego Świata, bardziej identyfikuję się z Kenijczykami niż Brytyjczykami."
Channing Williams od razu zaakceptował nowy sposób widzenia przedstawiony przez reżysera: "Obawiałem się, że utkniemy w konwencji 'biały mężczyzna z brytyjskiej klasy średniej'. Kiedy za film zabrał się Fernando, wyrzucił przez okno wszystkie te brytyjskie uprzedzenia klasowe. Wizja reżysera odnosi się do postaci a nie klas. Nasza brytyjska struktura klasowa nie jest dla niego ważna."
Reżyserski punkt widzenia 'człowieka z Trzeciego Świata' spowodował, że oprócz setek statystów, zatrudniono też dużą liczbę afrykańskich aktorów (ponad 30 ról mówionych). Ponadto brytyjską ekipę uzupełniono o 70 kenijskich pracowników. Początkowo planowano, że po obejrzeniu kenijskich plenerów, zdjęcia zostaną zrealizowane w Południowej Afryce. Chodziło o przewidywane problemy z ubezpieczeniem, powszechne przekonanie, że Kenia jest niebezpiecznym krajem. Jednak po wylądowaniu w Kenii, Williams i Meirelles od razu zadecydowali, że plenerów Kenii nigdy nie odtworzy się w RPA. Mario Zvan, producent wykonawczy ze strony kenijskiego Blue Sky Productions tłumaczy: "Wschodnia Afryka bardzo różni się od Południowej: inaczej wyglądają ludzie, inna jest roślinność, inne światło, inna architektura. Filmowanie tej opowieści w Południowej Afryce byłoby jak filmowanie Bostonu w Miami."
Pierwsze sceny w Nairobi filmowano w podmiejskiej restauracji Lord Errol, w której zainscenizowano cocktail party Brytyjskiej Wysokiej Komisji. Potem przeniesiono się do prywatnego Royal Nairobi Club, a następnie na miejskie wysypisko śmieci, w którym gromadzą się kloszardzi i bezdomni, w większości "wąchacze kleju".
Sceny hospitalizacji Tessy Quayle i odkrycia śmiercionośnych skutków Dypraxy realizowano w Pumwani, szpitalu położniczym obsługującym najbiedniejszych mieszkańców Nairobi, w którym w czasie zdjęć doszło do potężnego skandalu. Prasa zdemaskowała ogromną liczbę przypadków pomylenia tożsamości noworodków oraz przekraczający średnią krajową poziom śmiertelności.
Rolę domu Tessy i Justina odegrała willa na przedmieściach, należąca do Elizabeth Glaysher, matki kierownika garderoby na planie filmu.
Biuro szefa policji w wiosce Kiambu odegrało rolę posterunku policji, gdzie przesłuchiwano Justina. Inspektor Deasey, który pojawia się w tej scenie, zagrany został przez prawdziwego przedstawiciela prasowego ONZ w Nairobi.
Scena otwierająca film została nakręcona w Nairobi w największym slumsie subsaharyjskiej Afryki. Kibera jest dzielnicą slumsów, którą zamieszkuje ponad 800 tysięcy ludzi. Większość żyje w chatkach skleconych z blachy falistej, gliny i kawałków rupieci, bez prądu, bieżącej wody czy kanalizacji.
Meirelles: "Ciężko w to uwierzyć, ale Kibera jest jeszcze gorsza od faveli w Rio, gdzie kręciłem 'Miasto Boga'. Kibera mnie zaszokowała. A co powiedzieć o brytyjskich członkach ekipy? Ta bieda była dla wszystkich powalająca." Jak się okazało, wielu Kenijczyków pracujących w ekipie, nigdy tu nie było i realia Kibery równie mocno ich zaskoczyły.
Choć niektórym udaje się zarobić dość pieniędzy, by wrócić w rodzinne strony, wielu rodzi się i umiera w slumsie. Nie dość, że brakuje tu podstawowych udogodnień, to ogromna liczba mieszkańców dotknięta jest AIDS. Ocenia się, że w Kenii jeden na sześciu mieszkańców jest HIV-pozytywny, a w Kibera odsetek ten jest dużo większy. Rośnie liczba sierot, którymi nikt się nie zajmuje, bo nie istnieje jakakolwiek opieka społeczna.
Zdjęcia trwały około tygodnia, a pogłoski, że Kibera będzie wrogo nastawiona i niebezpieczna okazały się bezpodstawne. Zatrudniono 2000 mieszkańców, którzy zarabiali jako statyści, przewodnicy, tragarze, ochroniarze i tłumacze.
Po miesiącu ekipa przeniosła się na południe do wioski Ol Tapese obok jeziora Magadi w Rift Valley. Wioska składa się z paru kolorowych chat, a pozornie jałowy krajobraz tak naprawdę tętni życiem. Z bezkresnych przestrzeni nieoczekiwanie materializują się masajscy pasterze, którzy mają wystąpić w jednej ze scen. Wkrótce jednak przybywa ich znacznie więcej: próbują sprzedawać wyroby rzemieślnicze, wodę pitną, albo po prostu obserwują pracę na planie.
Następnie ekipa przeniosła się na stanowisko archeologiczne malowniczo usytuowane na urwiskach Rift Valley, gdzie miał być filmowany pościg samochodowy. Okazało się jednak, że miejsce gdzie miały się odbywać zdjęcia z helikopterów zostało zajęte przez Smithsonian Institute, bo właśnie znaleziono tam liczące 900 tyś. lat szczątki naszych przodków, najstarsze ludzkie pozostałości do tej pory odkryte.
Kolejne zdjęcia przeprowadzano nad jeziorem Magadi, które przypomina powierzchnię księżyca. 104 kilometrowe alkaliczne jezioro jest okolone solnymi połaciami, które skrzypią pod stopami niczym zmrożony śnieg. Flamingi i owady wydają się być jedyną formą życia w tym niesamowitym miejscu.
Następnym planem filmowym była wioska Loiyangalani, na brzegu jeziora Lake Turkana (największe na świecie pustynne jezioro), która oddalona jest o dwie i pół godziny lotu od Nairobi. Miejsce to zamieszkane jest przez najbardziej odpornych: plemiona Turkana, Samburu, Rendille i El Molo. Podobnie jak w Kibera, mieszkańcy byli przyjaźnie usposobieni, a dziesiątki ciekawskich i pozbawionych strachu dzieci bez przerwy towarzyszyły aktorom i ekipie. O świcie lokalni statyści i pracownicy zbierali się na planie, by uczcić śpiewem i tańcem nowy dzień pracy. Mieszkańcy wioski mogli korzystać z zapasów wody pitnej oraz porad lekarza i pielęgniarek towarzyszących ekipie.
Aby sfilmować sceny ataku na granicy sudańskiej, południowoafrykańska ekipa od efektów specjalnych podpalała specjalnie w tym celu zbudowane chaty, zachowując maksymalne zasady bezpieczeństwa, aby z powodu wiatru nie zajęły się chaty z liści palmowych, w których mieszkają turkańskie rodziny.
"Afryka na zawsze pozostanie w mojej pamięci, dzięki kilku bardzo różnym wspomnieniom - mówi Fernando Meirelles. Z jednej strony wspaniały krajobraz i ludzie, którzy tak przyjaźnie nas witali. Niezaprzeczalna uroda tego kontynentu. Z drugiej strony nigdy nie zapomnę problemów, z jakimi się boryka, znacznie większych, niż się spodziewałem. Jaka będzie jego przyszłość? Gdy pomyślę, że jeden na sześciu Kenijczyków jest nosicielem HIV, a oprócz tego szerzy się żółtaczka, gruźlica i tyle innych chorób... To jest przerażające. Trudno zachować jakąś nadzieję na przyszłość, ale przecież musimy."