Prof. Włodzimierz Borodziej urodził się w 1956 r. Ukończył studia w Instytucie Historycznym Uniwersytetu Warszawskiego, gdzie później uzyskał tytuł doktora i doktora habilitowanego. Do śmierci był związany zawodowo z instytutem. Profesorem był od 1996 r., a profesorem zwyczajnym od 2004 r.
W latach 1999-2002 pełnił funkcję prorektora Uniwersytetu Warszawskiego. Wykładał także Uniwersytecie Filipa w Marburgu oraz na Uniwersytecie im. Schillera w Jenie. Był przewodniczącym Rady Naukowej Domu Historii Europejskiej w Brukseli, pełnił też funkcję współdyrektora Imre Kertész Kolleg w Jenie.
Do jego najważniejszych publikacji należą m.in. "Terror i polityka. Policja niemiecka a polski ruch oporu w Generalnym Gubernatorstwie 1939 - 1944", "Od Poczdamu do Szklarskiej Poręby. Polska w stosunkach międzynarodowych 1945-1947", "Niemcy w Polsce 1945 - 1950. Wybór dokumentów.
W ubiegłym roku został uhonorowany nagrodą badawczą Fundacji Maxa Webera przy Kolegium Historycznym w Monachium. - Włodzimierz Borodziej jest wysoko cenionym badaczem, blisko związanym z Niemcami jako naukowiec i jako organizator nauki - tak mówił wówczas o naukowcu Hans van Ess, przewodniczący komisji konkursowej oraz prezydent Fundacji Maxa Webera.
"Gazeta Wyborcza" informuje, że prof. Włodzimierz Borodziej zmarł po długiej chorobie.